◆ 除去创伤,所有疾病都和基因有关。
文| 铅笔道 记者 王琳
►导语
在美国攻读博后的余伟师想建立中国的基因库。
可国内相关信息缺失,他决定采集美国、新加坡等医疗较为发达国家的数据作为参考。
2015年10月,大众创业的春风召回了余伟师。如何获取国内数据呢?他选择和医院合作,“他们数据比较全,也够新”。
去年10月,团队推出基因数据解析平台。平台覆盖1万多种疾病,2万多种基因,可实现基因突变、缺失等性状的快速检测。
相比人工解析,平台将基因解析速度提升20~50倍,致病性变异预测的误差率降低19%,精确度提高50%。
此外,团队推出安晶产品,用于癫痫临床筛查和诊疗。它采取全基因全外显子组检测技术,阳性检出率约90%,传统基因包检出率不足20%。
目前,团队已和40家三甲医院(多为肿瘤科)、10家科研机构取得合作。
注: 全文未经创始人审阅,由铅笔道记者根据采访录音独立撰写,内容仅供参考。
构建中国人自己的基因库
余伟师想把科研成果转化为生产力。2011年,他进入美国国立卫生研究院NIH从事博士后研究,方向为基于二代测序数据的诱导干细胞表观遗传学研究。
“不如把在华博士们集结起来,看看能否产生化学反应。” 痴迷技术的博士们闻及此,大都表示愿意和余伟师一起探索。2013年年末,团队五位早期成员到位,涵盖生物信息学、分子医学、分子遗传学、数学等多个学科。“当时主要是拿公开数据进行模拟训练,看看能否发掘一些与临床应用相关的信息。”
一场盲测让余伟师看到方向。彼时,广东中山医院托人找到余伟师,希望他对一位患者的全外显子测序数据和RNA-Seq数据进行分析和解读,确定患者所患肿瘤类型和致病因素。但院方没有透露病人具体信息。同时参加竞争的还有另一家生物公司。
一周后,团队给出了解析报告,报告显示:病人男,35岁,肠癌患者。这与临床诊断结果完全符合。而另一家公司在一个月后给出的答案却是样本有误。
让余伟师兴奋的不止于此。结果显示,病人的几个位点与临床靶向药物相关,即医生可根据报告建议给病人直接进行靶向治疗,但七天的解析时间效率很低。
如何提高解析效率呢?彼时,一些发达国家已经开始尝试建立基因库,余伟师想着不如建立中国的基因库,“把医学相关文献里关于某基因突变与某疾病(以肿瘤为主)之间的潜在关系收集起来。”
采集国外数据作参考
国内相关数据的缺乏让余伟师犯难,他决定先抓取美国数据作为参考。“中美人种不同,基因存在1%的差异。”
抓取数据的同时,余伟师一直等待回国契机。2015年年初,奥巴马表示打算通过分析100多万名美国志愿者的基因信息为精准施药铺路。9月31日,李克强号召大众创业,万众创新。国内外形势正好,余伟师带着团队剩余的10个博士回国。
再次踏上国土,他首先想到融资,“自筹资金有限,有那么多博士要养活,他们工资很高”。
事实上,早在美国时,余伟师就已经和创见资本取得联系。“他们看好医疗方向。”去年2月,团队完成了由创见资本、将门创业、朗玛峰创投三家机构共同注入的1000万元天使轮融资。
资金到位,除去招兵买马外,团队将更多精力放在数据库完善上。
难点在于有效数据的筛选。首先,团队会采集影响因子在10分以上SCI刊源的文献数据。其次,他们会拿文献中给出的结果与临床信息进行比对,以确保其真实性。
对于一些样本量较少的数据,博士团会查询类似文献,进行交叉比对,验证结果。此外,除去采集美国数据外,团队还抓取了新加坡、日本等国家的数据。“同是黄种人,数据更具参考价值。”
提升20~50倍解析速度
关于如何获取国内数据,余伟师选择和三甲医院合作,“医院有最新的医疗数据。”他计划通过帮医院解析基因数据或许还可以小赚一笔。
首先找到余伟师的是上海东方肝胆肿瘤医院。但院方给他出了一道考试题,要求进行肿瘤基因检测,再议合作。
十多天后,余伟师给出了解析报告。报告显示肿瘤阳性检出率为80%以上。彼时,医院合作的其他基因检测公司的检测结果仅为30%。
虽通过了考试,但院方并不愿意为此付费。“他们认为检出率就该那么高,市场不够成熟。”于是,余伟师放弃收费想法,“收集数据是关键”。
去年10月,团队上线基因数据解析平台。平台覆盖1万多种疾病,2万多种基因,可实现基因突变、基因缺失的快速检测等功能。此时,团队已和40家医院达成合作,以肿瘤科、慢性病为主。数据库与平台的结合将基因解析速度提升20~50倍,致病性变异预测的误差率降低19%,精确度提高50%。
同时推出的还有癫痫临床筛查、诊断和治疗结合产品——安晶。安晶采取全基因全外显子组检测技术,阳性检出率约90%。而传统基因包阳性检出率不到20%。“我们将测序过程外包,解析结果3天内可出。”
此间,一个发病率高达1%的群体——小儿神经发育障碍患者颇受医院重视。为此,今年4月,余伟师推出针对小儿发育障碍患者的基因检测产品。产品目前正在测试中。
除去医院外,团队已了10多家高校达成合作,如浙江大学、湖南大学、美国克里夫兰医学中心。
今年1月至今,团队每月收入10万多元。余伟师想着等到数据库积累到一定程度,或许可用基因检测助力新药研发。
/The End/
编辑 孙 娇 校对 褚琳冰
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